マイナポータル連携の申告準備｜自動取得・手入力・訂正版を原資料へ対応させる票

マイナポータル連携で資料の情報が自動入力されても、手元の原資料や、すでに手入力した記録との照合は残ります。同じ源泉徴収票が自動取得と手入力の二つの経路に見えるとき、二つの給与として足す前に、どの原資料の、どの版に対応するかを確かめます。

この記事では、給与の源泉徴収票と控除証明書を例に、取得経路と入力元の対応票を作ります。国税庁の説明する連携は、対象資料・発行主体・提出経路・対象年などの条件があります。副業の売上、報酬、費用の全明細が自動で集まる機能や、所得・控除・税額を本人に代わって確定する票ではありません。

対象年・資料の種類・発行元を決める

まず、対象年と資料の種類を記します。給与の源泉徴収票なら勤務先、控除証明書なら発行主体を、手元の原資料で確認します。原資料をまだ受け取っていない場合は「原票未取得」、原票はあるが連携結果がない場合は「連携結果未取得」と別に書きます。

国税庁のマイナポータル連携FAQ[C59-E1]は、確定申告書等作成コーナーでマイナンバーカードを使ってe-Tax提出する場合の連携を案内しています。給与情報は令和5年分以後が対象ですが、勤務先から税務署への提出方法や情報の条件が必要です。紙の源泉徴収票が手元にあることだけで連携できるとは決められません。国税庁の給与情報連携・利用者ページ[C59-E2]も対象条件と手元原票との一致確認を案内しています。

控除証明書は、資料の種類と発行主体ごとの対応を確認します。国税庁の発行主体一覧[C59-E6]は令和8年2月時点の掲載で、資料ごとに取得可能な時期が違うことや、不明点は発行主体へ確認することを示しています。掲載されている会社の全契約・全年分が本人に自動取得されるという意味にはしません。連携する所得税確定申告手続[C59-E4]と事前準備の公式案内[C59-E5]も、資料種別と準備経路の確認に使います。この記事は本人や家族の連携設定手順を案内しません。

原資料にIDと版を付け、取得結果・手入力を結ぶ

一枚の原資料には、対象年・発行元・資料種と一緒にP01のような管理IDを付けます。訂正版があればP01-V1、P01-V2と版を分けます。連携で見えた結果はA01、先に手入力した記録はH01のように別の経路IDで残し、いずれも元のP01へ対応させます。これは手元の確認票の書き方であり、作成コーナーにその管理ID機能があるという意味ではありません。

国税庁の給与情報FAQ（令和8年4月30日版）は、連携された情報でも自動入力の対象外となる一部項目があり、必要な項目は別途入力する場合があると説明しています。したがって「自動入力された」ことと「源泉徴収票の全項目を確認した」ことは分けます。国税庁：給与情報FAQ PDF[C59-E3]

確認票には個人番号、パスワード、認証コード、実際の給与額を公開用の例として書きません。原資料の項目名と版に戻れる資料IDだけを使います。

同じ原票の自動取得と手入力を二重に足さない

連携された給与情報と手元の源泉徴収票は、同じ対象年・勤務先・版の内容が一致するかを確認します。[C59-E2][C59-E3]自動取得A01と手入力H01が同じP01に結び付くなら、二つの勤務先からの給与があると機械的に足しません。どちらが最新版に対応するか、項目に差がないかを確認します。

ただし、取得結果と手入力の両方が見えるというだけで、画面上の重複状態や適切な削除操作は決めません。国税庁のPDFは、誤りのある給与情報を自動入力時のチェックで自動削除する場合を説明していますが、正常な取得データや既存手入力をすべて削除する指示ではありません。[C59-E3]年分別の画面で手入力済みの同一資料をどう処理するかは、該当年の公式手順を確認するまで操作保留とします。

複数勤務先の原票そのものの年分・採用版・前職通算は勤務先ごとの給与資料の照合へ、原票が不足するときの取得依頼は給与源泉徴収票の依頼へ分けます。この記事は原票と入力経路の対応に集中します。

訂正版と、年末調整で使った控除証明書を確認する

同じ勤務先から訂正版が出ているなら、旧版を新しい給与と数えず、手元の最新原票と自動入力された内容を比較します。国税庁の給与情報FAQは、訂正前や無効の給与情報は連携対象にならず、最新の訂正後情報と手元の最新版の一致を確認するよう案内しています。対象年・発行元・版が分からないまま、古い入力を推測で直しません。[C59-E3]

保険料控除証明書は、年末調整ですでに利用した同じデータを確定申告で重複利用しないよう、国税庁の連携FAQのQ3注・Q13が注意しています[C59-E1]。取得結果があるだけで「控除をもう一件追加」とはせず、年末調整へ渡した資料IDと対応させます。反対に、同じ証明書の確認が必要だという理由で、年末調整済みの控除情報を全て消す案内にも変えません。保険料の種類・新旧と年末調整反映の確認は生命保険料資料の対応票へ分けます。

国税庁の給与情報FAQには、令和9年1月1日以後に提出された令和8年分以後の給与支払報告書に関する連携範囲も載っています。この将来開始の範囲を、下の2025年分の架空例へ適用しません。2025年のP01/P02については、対象となる給与源泉徴収票の提出経路と準備条件を確認します。[C59-E1][C59-E2][C59-E3]

架空例で取得済み・未照合・未取得を分ける

以下は、2025年分の資料を2026年10月1日に対応させる説明用の架空例です。A01、H01、C01という表示は作業票上の仮の状態であり、実際にログイン、取得、入力した結果ではありません。税額、所得区分、控除額、申告要否は未判定です。

P01-V1、P01-V2、A01、H01は、同じ給与に関する原票の版と入力経路です。四つの給与ではありません。P02の紙の原票を持つことと、連携結果B01が未取得であることは両立します。D01は年末調整で使った資料IDと突き合わせるまで、採用・操作を保留します。

図の矢印は資料IDの対応を示し、連携成功や自動修正の実画面ではありません。

不一致・未取得の確認先を分けて持ち帰る

P01の原票内容や訂正版の発行状況は勤務先へ、P02の連携対象条件や提出経路は国税庁の利用者向け説明と勤務先へ戻します。取得できないことだけで、給与がなかった、不交付だったと決めません。D01の発行時期や連携対応は発行主体へ、年末調整利用済みかは提出控えへ戻ります。[C59-E2][C59-E6]

対象端末・本人確認・送信結果はスマホ申告の準備と結果確認、年末調整後の資料の引継ぎは年末調整後の副業資料で扱います。副業の売上・報酬・費用は、連携で全明細が埋まる前提にせず、売上・費用の継続記録と申告前の資料一覧へ分けます。継続集計に別の道具が必要な人だけ会計ソフトの使い分けを任意に確認できます。

持ち帰る票には、対象年／原資料IDと版／発行元・資料種／公式の対象条件と確認元／取得結果ID・経路・確認日時／自動入力項目と原票の対応／手入力ID／訂正前後／年末調整利用／未取得理由の確認状態／採用・操作保留／照会先を残します。未取得を0円へ、未照合を採用済みへ置き換えないでください。

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